Prepoopulated, baik Pajak Masukan maupun Pemberitahuan Impor Barang (PIB), merupakan fitur terbaru yang ada di e-Faktur 3.0. Pada aplikasi sebelumnya, e-Faktur 2.2, setiap kali anda memperoleh Faktur Pajak atas perolehan Barang Kena Pajak/Jenis Kena Pajak (BKP/JKP) dari lawan transaksi, Anda harus melakukan input (1) secara manual (key-in) (2) melalui skema impor (3) melalui aplikasi scanner efaktur ke aplikasi e-Faktur. (sebagai peringatan dari Direktorat Jenderal Pajak (DJP) mengatakan bahwa “aplikasi scanner efaktur yang beredar saat ini dikembangkan oleh pihak ketiga dan bukan dikembangkan oleh DJP dan tidak memperoleh persetujuan dari DJP. JANGAN DIGUNAKAN!”). e-Faktur 3.0 akan menyediakan data Pajak Masukan yang dapat anda kreditkan by system. Sehingga anda tidak lagi perlu melakukan input secara manual ke aplikasi e-Faktur. Sementara itu untuk prepopulated Surat Pemberitahuan (SPT), ketika anda ditetapkan sebagai e-Faktur 3.0, pelaporan SPT Masa PPN (Pajak Pertambahan Nilai) tidak lagi dilakukan melalui aplikasi e-Faktur Client Desktop namun menggunakan aplikasi e-Faktur Web Based. Seluruh data Pajak Keluaran dan Pajak Masukan yang tersedia untuk dilaporkan di SPT Masa PPN akan disediakan melalui e-Faktur Web Based tersebut.